Perbendaharaan Negeri Kedah Darul Aman mula beroperasi dengan tertubuhnya Perbendaharaan Negeri pada 3 Ogos 1905 dan ditempatkan di Balai Besar, Alor Star. Pegawai Perbendaharaan Negeri yang pertama bernama Syed Abdullah Al Mahdali dan beliau berada di bawah kuasa Pegawai Kewangan Negeri iaitu En. W.J. Williamson. Perbendaharaan Negeri memainkan peranan penting dalam era pra merdeka bagi menyediakan perkhidmatan pengurusan kewangan dan pengendalian perakaunan Kerajaan Negeri.
Pada Tahun 1909, Perbendaharaan Negeri dipindahkan ke bangunan yang pada masa sekarang menempatkan Balai Seni Negeri. Dalam tahun 1972 ia dipindahkan ke Bangunan Wan Mat Saman . Menjelang tahun 1981 ia dipindahkan pula ke Bangunan Sultan Abdul Halim dan ditempatkan di tingkat 11 bangunan tersebut . Pada tahun 1995 ianya dipindahkan ke Wisma Negeri hinggalah ke hari ini.
Pada tahun 2003 penyusunan semula struktur organisasi Pejabat Kewangan dan Perbendaharaan Negeri Kedah telah dilaksanakan. Penyusunan semula tersebut telah dimantapkan lagi dengan kelulusan perjawatan oleh JPA mengikut waran perjawatan yang telah berkuatkuasa mulai Januari 2004. Selepas penyusunan semula tersebut, struktur organisasi Pejabat Kewangan dan Perbendaharaan Negeri adalah seperti berikut :-
Seksyen Khidmat Pengurusan
Seksyen Pengurusan Kewangan
Seksyen Pengurusan Perakaunan